为贯彻实施国家《档案法》和《云南省档案工作条例》，使医院各种门类、不同载体的档案实行集中统一管理，达到档案管理的科学化、规范化。1998年9月，医院成立档案目标管理领导小组。1998年11月，成立档案科，隶属院办公室。档案科设科长1名，专职档案员3名。内设人事档案分室和病历档案分室，分室配备专职档案员各1名。在有关职能处（科）室设兼职档案员1-2名，现已形成与医院工作相适应的档案管理网络系统。

        按照档案目标管理国家标准，配备了适应医院未来发展的档案专用库房，各类档案得到安全妥善保管。结合医院实际，建立、健全、完善档案管理网络和相应的规章制度、档案工作制度、各类档案管理制度以及档案分类编号实施细则。2000年4月，我院以全省科技事业单位最高分97分的优异成绩，在省级卫生系统首家获得了科技事业单位“档案管理国家二级”证书。

        医院档案工作进入标准化管理轨道，现存各类档案数据均进入计算机管理，目前各类档案机读数据总计20142卷，53638件。人事档案库存2678卷，病历档案库存457204份。据不完全统计，截止2005年，提供各类不同载体档案查询利用共计3510人次，42810件；人事档案分室提供干部人事档案查询利用 1010人次；病历档案分室提供病历档案资料查询利用375969人次。为医院管理、科学决策、工作查考、科研教学、设备仪器维修、基建工程改造、接受上级机关及有关部门检查等提供了方便快捷的查询利用服务，为医院规范管理奠定了基础。