藿香正气水在其制作过程中需乙醇浸泡，酒精含量高达50%，因其味苦、刺鼻且口感差，很多人服用时喜欢捏住鼻子，一口气把正气水倒进嘴里咽下，再猛灌几口水，以冲淡刺鼻的味道。
这种服药方法表面上看，减少了对鼻子刺激，却加重了食道黏膜刺激。因为，藿香正气水中的酒精很可能灼伤食道黏膜。中国中医科学院望京医院内科王泽民主任提示说，正确的服药方法是先将药水倒在杯中，再加入约30毫升温水，充分稀释后服用。用药10分钟后，最好再喝一杯热水，以使身体微微发汗，帮助药效发挥。
服药时，还要忌食生冷、荤腥、油腻、酸辣等食物，对酒精过敏或不能饮酒者应慎用或改用其他剂型。
